持有二代身份证、港澳居民居住证等有效身份证件的旅客均可刷证进出站。旅客在香港可使用12306网站、APP购买广深港高铁的车票。
东莞南站前往香港的旅客，采用“一地两检”，进出站时香港旅客可使用港澳居民来往内地通行证或港澳居民居住证，走人脸识别验证闸机“刷卡”通过，也可以通过人工验证通道进站乘车。
东莞南站可以直达香港西九龙。具体攻略：从东莞南站上，可以走京九线南下到达深圳，再通过深圳蛇口可以直达香港西九龙的。
东莞南站可以停电动自行车。在东莞的每个火车站出站口附近都设有电动自行车停车位，也停放有许多共享单车以供市民方便出行。