没关系，只要不超过三个月，社保断缴超过三个月可以补。
如果是养老保险，断交三个月无影响，只要最后是满15年交纳就可以。
其次对于医保，除非补上没交纳的医保，否则自断交医疗保险当月起，会停止医保待遇。
如果是生育保险，在怀孕的时候断交生育保险，不能享受相应福利。而三个月的断交对工伤保险和失业保险基本没有影响
如果南京社保扣款余额不足导致没有扣到，首先要及时补齐余额，以免影响个人社保权益。其次，可以向南京社保部门咨询解决办法，可能需要提供相关证明文件并进行补缴。同时，也要留意个人社保账户的余额，避免再次发生余额不足的情况。在处理问题的过程中，与社保部门保持良好沟通，积极配合解决方案，确保个人社保权益不受影响。
根据我找到的信息，南京市社保最低缴费系数是16%。如果您需要了解更多关于南京市社保缴费的信息，可以访问南京市人力资源和社会保障局的官方网站。