银耳的主要营养物质存在于其子实体的胶质部分，也就是我们通常所说的银耳肉。银耳子实体是由许多菌丝构成的，这些菌丝紧密交织在一起，形成了银耳特有的结构。
银耳的主要营养物质存在于菌体部分而非根部，银耳的营养成分相当丰富，含有蛋白质、脂肪和维生素、矿物质等多种营养物质，其中蛋白质占干重的6%—10%，含有17种氨基酸，人体必需氨基酸种类包括7种；脂肪含量为0.6%—1.28%，主要以亚油酸等不饱和脂肪酸为主，不饱和比例达75%左右。此外，银耳中还含有钙、铁、镁、磷等丰富的无机盐及多种维生素，营养价值很高。