长乐机场航站楼共有两个。T1航站楼相对较小，主要用于国内航班的出发和到达，其中包括厦门航空和春秋航空的航班。

T4航站楼是一座新建的大型综合航站楼，于2019年6月投入使用。它主要用于国际和地区航班，除了出发和到达外，还提供免税购物、餐饮和其他服务。两个航站楼之间有免费接驳巴士，运行时间为6:00-23:30，约5-10分钟一趟。长乐机场的航站楼设施齐全，并且在持续改进中，能够满足旅客的需求。