首先，香港有多所世界知名大学，研究生能够选择更多的学校和专业；而澳门只有澳门科技大学一所公立大学。
其次，香港研究生的学制一般为1-2年，而澳门的研究生学制则一般为2-3年，存在时间上的差异。
此外，香港的研究生教育更加国际化，有更多的外籍教授和国际化的课程设置；而澳门研究生则相对更加侧重本地经济、文化、教育方面的课程设置。
综上所述，香港研究生和澳门研究生在学校选择、学制、课程设置等方面存在一定差异。
1. 澳门留学成本比香港更低，澳门一年的学费10-12万人民币左右，生活费一年2万人民币，合计14万人民币。香港留学学费一年在15万人民币左右，生活费4万人民币，合计19万人民币。相比澳门留学性价比更高。
2. 澳门研究生可以申请校内住宿，澳门大学为例，6900澳币/学期，每个月住宿费用约1600人民币。香港授课型研究生基本没有宿舍分配，香港的单价每月4000-6000人民币，相比之下，澳门研究生省去了租房的烦恼的同时又节省了一笔开销。
3. 澳门留学的热门专业竞争比香港小，但含金量不比香港高校低。澳门高校的一些科目排名世界前列。
4. 澳门留学的录取标准低于香港，澳门的高校大部分都承认大学英语四六级成绩，而香港高校大部分要求雅思成绩，相比之下澳门留学更容易申请。
5. 澳门地区的研究生课程为两年学制，一年授课，一年完成论文报告，两年学制减轻了学生的压力。而香港的授课型硕士为一年学制，时间紧，任务重。
6. 澳门地区的大学研究生在奖学金方面相比香港更多，有入学奖学金、学术奖学金、海外交流奖学金等，涉及到的研究生专业众多。香港的授课型研究生基本以资费为主。