1、编制主体不同：MSCI A50具MSCI新近推出的A股市场龙头指数。上证50指数是由上海证券交易所编制的。
2、含义不同:MSCI A50是从沪深两市“陆股通”成分股中选取50只股票作为指数样本。上证50是挑选上海证券市场规模大、流动性好的最具代表性的50只股票作为样本股。
3、作用不同：MSCl A50反映A股投资者可参与的中国大陆市场的表现，是海外投资者投资中国内地A股市场的一个基准；而上证50综合反映上海证券市场最具市场影响力的一批龙头企业的整体状况。
中证A50与MSCI A50的主要区别体现在其选股标准上。中证A50指数是从各行业龙头上市公司证券中，选取市值最大的50只股票，主要强调各行业最具代表性的龙头上市公司的整体表现。
而MSCI A50指数则侧重于选取沪深两市、且纳入沪股通、深股通的，规模最大的50只股票，要求单个行业的比例通常不超过20%，因此在行业分布上相对更分散，波动更平缓，具有更长期的投资价值。两者各有特色，投资者可根据自身需求和风险承受能力进行选择。
中证A50和上证A50有以下区别：
- 编制方不同：中证A50指数是由中国证券市场的国内机构——中证指数有限公司编制；上证50指数是由上海证券交易所编制。
- 成分股不同：中证A50指数选取50只各行业市值最大的作为样本股，共覆盖30个二级行业以及50个三级行业，都是市值最大的公司；上证50指数是从上海交易所里挑选规模最大、流动性最好的50支股票组成，只代表上海市场的超大盘股的整体状况。
- 交易时间不同：中证A50指数的交易时间段是9:00-16:30和17:00-次日02：00；上证50指数的交易时间段是上午9：30到11：30，下午13：00到15：00。