医疗纠纷人民调解委员会是依法设立，隶属于地方各级人民政府的第三方调解组织，其协调赔偿款的具体方式可能因地区、案件性质等因素而有所不同。

一般来说，医疗纠纷人民调解委员会会通过以下几种方式来协调赔偿款：

协商解决：双方当事人可以就赔偿事宜进行协商，达成一致意见后签订书面协议，赔偿款由双方自行分配。这种方式比较简单易行，但需要双方当事人的自愿和信任。

调解处理：如果协商不成，医疗纠纷人民调解委员会可以介入调解，通过说服教育等方式促使双方当事人达成共识。在调解过程中，可能会涉及到法律知识和证据等方面的专业问题，因此调解员通常会邀请相关领域的专家或律师协助处理。

仲裁解决：如果调解失败，双方当事人可以向当地的仲裁机构申请仲裁，仲裁机构会根据双方的争议事项和证据进行裁决。这种方式相对复杂，但是具有较高的法律效力。

司法途径：如果以上方式都无法解决问题，当事人可以寻求司法途径解决。在这种情况下，患者可以向法院提起诉讼，要求医疗机构承担相应的民事责任。不过，司法程序往往耗时较长，费用较高昂。

总之，医疗纠纷人民调解委员会协调赔偿款的方式因地区、案件性质等因素而异。如果您遇到了医疗纠纷，建议咨询当地的相关部门或专业人士，以便更好地了解和处理此事。