卓誉6号玉米种是一种新品种的转基因玉米种，其具有抗虫、抗病、耐旱等特性，被认为是一种高产、优质的玉米种。然而，其合法性一直备受争议。

在我国，审批和监管转基因作物的权力属于农业部和农业部下属的农业转基因生物新品种审定委员会。卓誉6号玉米种在2013年获批进入试验田阶段，但是在经历了多次试验后，农业部最终在2017年禁止了卓誉6号玉米种的商业化种植和销售。

农业部禁止卓誉6号玉米种的主要原因是该种子的比较安全性和环境风险问题未得到充分评估。此外，该种子监管在过程中存在的问题，也成为了禁止其商业化的原因之一。农业部指出，该品种创新性不强、注重商业利润的背景下所开发，符合商业贸易，不符合国家《农业转基因生物比较安全管理条例》和相关法律规定。

因此，根据我国法律和政策，卓誉6号玉米种目前是不合法的，不能在我国进行商业化种植和销售。