石头上有小孔通常是由于化学反应或生物作用而形成。这些小孔可能是钙质沉积物、微生物遗骸或蚀区等物质所留下的。
其中一种著名的岩石是石灰岩，它是由钙质生物遗骸形成的岩石。
化学反应可以通过溶解作用研究石头上出现的小孔。例如石英岩中的硅酸盐就会被酸性溶液侵蚀而形成小孔。因此，当我们在石头上发现小孔时，我们需要注意到石头类型及其形成过程中的化学和生物条件，而进一步通过科学方法来解决这个问题。
石头上有小孔的可能是岩石中的孔洞石，也就是空洞石。这种石头是由于经过多年的风化和水蚀形成，其中的矿物质已经被溶解，留下了孔洞和空隙。这些空洞可以形成各种形状和大小，甚至可以形成立体的通道、隧道和室内。孔洞石的形成与岩石的类型、地质条件和地质年代等有关，其中以石灰岩的孔洞石较为常见。这些小孔往往会产生美丽的景观，如溶洞、石柱、钟乳石等，吸引众多游客前来欣赏。
不一定。虽然有些石头或树叶上的贝壳、小鱼等物可能是附着在表面上的，但也有可能是像化石一样被完全包裹在岩石或树叶中，或者是在石头或树叶形成时被包含进去的。此外，还有一些生物可以利用粘液等方式将自己粘在石头或树叶上。总之，这种情况需要具体分析具体情况，不能简单地概括。